codice:
int mat = in.nextInt();
String m = Integer.parseInt(mat);
La seconda riga è completamente senza senso.
Integer.parseInt() prende una String e ritorna un int... tu stai facendo il contrario (non compila nemmeno).
Quello che serve a te è un Formatter:
codice:
int mat = in.nextInt();
NumberFormat nf = NumberFormat.getIntegerInstance();
nf.setMinimumIntegerDigits(5); // Mette eventuali zeri fino a formare un numero di 5 cifre
nf.setGroupingUsed( false ); // Toglie l'uso del separatore delle migliaia
System.out.println( nf.format(mat) );
Ciao.