Come aggiungere isotope a una pagina PHP?

[stakkit]

Ciao a tutti!
Non sono tanto bravo in PHP per questo motivo sono venuto a voi per chiedervi se potete aiutarmi. Vi ringrazio.

Il risultato che vorrei ottenere con isotope è simile a questo: http://themetrust.com/demos/reveal/

Il codice del menu (categorie):

<?php  
<div id="portfolio-terms"> 
     <ul> [*][url="#"]<?php_e('All', 'framework'); ?>[/url]<span>/</span> 
         <?php 
          wp_list_categories(array( 
                       'title_li' => '', 
                       'taxonomy' => 
                       'skill-type', 
                       'walker' => new Portfolio_Walker(), 
                       'show_option_none' => '' 
                    ) 
             ); ?> [/list]
 ?>

Codice container immagini:

<?php <ul id="portfolio-items" class="<?php if($magic_door) : ?>enabled<?php endif; ?> clearfix">

                <?php if (have_posts()) : while (have_posts()) : the_post(); ?>

                    <?php

                    //Get the terms
                    $terms = get_the_terms( get_the_ID(), 'skill-type' );

                    $output = '';

                    //If there are any terms then store them
                    if($terms) {
                        foreach ($terms as $term) { 
                            $output .= 'term-'.$term->term_id.' '; 
                        } 
                    }

                    ?>

                    <li id="portfolio-<?php the_ID(); ?>" class="<?php echo $output; ?>visible">

                        
                        <div <?php post_class() ?> id="post-<?php the_ID(); ?>">

                            [url="<?php the_permalink(); ?>"][/url]

                            <?php tz_featured_image(get_the_ID(), TRUE); ?>

                            
                            <div class="overlay">

                                <h3 class="entry-title"><?php the_title(); ?></h3>

                                <div class="seperator clearfix">
                                    <span class="line"></span>
                                </div>

                                
                                <div class="entry-content">
                                    <?php the_excerpt(); ?>
                                
                                </div>

                                <div class="arrow"></div>

                            
                            </div>

                          
                        </div>

                    

                    <?php endwhile; endif; ?>
[/list]?>

Ora ho provato ad incorporare isotope così:

<?php 
<script src="js/jquery.isotope.min.js"></script>
  <script>

    var $container = $('#portfolio-items');

    // filter buttons
    $('#portfolio-terms li').click(function(){
      var selector = $(this).attr('data-filter');
      $container.isotope({ filter: selector });
      return false;
    });

  </script> 
>?

Ma non funziona! perché?
c'è qualcuno che riesce a farmi capire come collegarli?
Grazie mille!