come evitare .htaccess configurando i file di configurazione

[james]

Sono solito usare 5 direttive sfruttando il file .htaccess, le seguenti:

php_flag magic_quotes_gpc Off
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . ecc.ecc.ecc. [L] 

Ma dato che nel limite del possibile si dice che sia meglio evitare di usarle, come posso integrare le stesse direttive direttamente nei file di configurazione di Apache? Considerando che le direttive non possono essere globali (altrimenti quelle relative al magic_quotes di php le avrei settate nel php.ini) ma devono essere differenziate da VirtualHost a VirtualHost. C'è una soluzione o devo usare solo ed obbligatoriamente un file .htaccess che però, leggendo, mi crea problemi di prestazioni?