--- edit: Ops, non ho visto la tua risposta, sorry ----
Ma quella variabile la stampi nel div che deve contenere il menu?
Non so se funziona però potresti provare a fare una cosa del genere:
Il tuo html potrebbe essere una cosa del tipo
codice:
<html>
<head>
<script type="text/javascript" src="tuofile.js"></script>
</head>
<body>
<div id="menu" onload="stampaMenu();"></div>
</body>
</html>
Mentre tuofile.js potrebbe avere una funzione stampaMenu() del tipo:
codice:
function stampaMenu(){
var navHtml = // tutta la tua variabile come era prima
var menu = document.getElementById("menu");
menu.InnerHTML = navHtml
}
Non so se funziona onestamente, è la prima cosa a cui ho pensato....prova e fammi sapere 
Rispondi quotando
