Dopo il tuo aiuto ho guardato il codice del crop e quindi ho pensato di fare in quel punto la copia dell'immagine facendo così:
Codice PHP:
// 3) crop the full size image
$gd->crop($filePath, $newCoords['x'], $newCoords['y'], $newCoords['w'], $newCoords['h']);
$gd->copy($filePath, UPLOAD_DIR.'big_'.$v['filename']);
// 4) resize the cropped image to whatever size we need (lets go with 200 wide)
$ar = $gd->getAspectRatio($newCoords['w'], $newCoords['h'], 75, 0);
$gd->resize($filePath, $ar['w'], $ar['h']);
quindi fondamentalmente ho aggiunto
$gd->copy($filePath, UPLOAD_DIR.'big_'.$v['filename']);
che mi esegue la copia prima che poi esegue il resize...
Ho risolto! quindi a chi potesse servire ecco a voi!
Grazie mille!