in generale, le librerie utilizzate dal framework base e da ASP.NET, sono già incluse tra quelle referenziate, ad esempio:
System.Core
System.Data
System.Web
System.Web.Extensions
Se apri il web.config troverai:
codice:
<system.web>
<compilation debug="true">
<assemblies>
<add assembly="System.Core, Version=3.5.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=B77A5C561934E089"/>
...
...
</assemblies>
</compilation>
</system.web>
Quando vuoi utilizzare una nuova libreria (come hai giustamente detto tu ajax ad esempio), giustamente vai ad aggiungere il riferimento, ma non è detto che la DLL la trovi nella scheda .NET.
Per AjaxControlToolkit ad esempio, devi andare su "Sfoglia" e cercarti la DLL.
Selezionata sarà poi copiata in automatico nella BIN.
Ciao