Problema importazione tabelle in phpmyAdmin

[Darèios89]

Salve ragazzi, ho installato WAMP per un progetto. Ho creato un database ed una tabella, ora dovrei inserire i vari campi degli attributi prendendoli da un file .txt. Ho dei problemi nella importazione, intanto il file deve essere modificato in .sql? Oppure posso lasciarlo in .txt? L' errore è il seguente:

#1064 - You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'HGNC ID Approved Symbol Approved Name Status Previous Symbols Previous Names Syn' at line 1

Ho selezionato Modalitá di compatibilità SQL: MySql40.

Ho verificato la versione ed è la: 5.5.24.

Cosa potrei fare?

Riporto anche uno stralcio del txt che contiene le tabelle:

HGNC ID Approved Symbol Approved Name Status Previous Symbols Previous Names Synonyms Name Synonyms Chromosome Accession Numbers Entrez Gene ID Ensembl Gene ID RefSeq IDs OMIM ID (mapped data supplied by NCBI) UCSC ID (mapped data supplied by UCSC)
HGNC:5 A1BG alpha-1-B glycoprotein Approved 19q 1 ENSG00000121410 NM_130786 138670 uc002qsd.4
HGNC:37133 A1BG-AS1 A1BG antisense RNA 1 (non-protein coding) Approved NCRNA00181, A1BGAS, A1BG-AS "non-protein coding RNA 181", "A1BG antisense RNA (non-protein coding)" FLJ23569 19q13.4 BC040926 503538 NR_015380 uc002qsg.3
HGNC:24086 A1CF APOBEC1 complementation factor Approved ACF, ASP, ACF64, ACF65, APOBEC1CF 10q21.1 AF271790 29974 ENSG00000148584 NM_014576 uc001jjj.3

[philbert]

Il file deve contenere i comandi SQL necessari a riempire la tabella,
quindi deve contenere una serie di INSERT...

Nel tuo caso immagino che sia qualcosa del genere:

INSERT INTO <nome_tabella> VALUES ('HGNC:5','A1BG alpha-1-B glycoprotein', 'Approved', '19q 1', 'ENSG00000121410', 'NM_130786', '138670', 'uc002qsd.4', 'HGNC:37133', 'A1BG-AS1', 'A1BG antisense',....ecc. ecc. ecc.);
INSERT INTO <nome_tabella> VALUES ('HGNC:8',..............);
INSERT INTO <nome_tabella> VALUES ('HGNC:14',..............);

[Darèios89]

Quindi dovrei modificare il .txt inserendo per ogni riga quelle istruzioni per l' inserimento?
Altra domanda, devo salvare poi il .txt in .sql?

[philbert]

Originariamente inviato da Darèios89
Quindi dovrei modificare il .txt inserendo per ogni riga quelle istruzioni per l' inserimento?
Altra domanda, devo salvare poi il .txt in .sql?

esatto...dipende da come è fatta la tua tabella, (sopratutto da quanti campi ha)

Per quanto riguarda l'altra domanda, tu per stare sicuro salvalo come .sql anche se mi pare che l'estensione del file sia indifferente (l'importante è che le istruzioni dentro il file siano corrette)

[piero.mac]

per caricare un file di testo si puo' usare LOAD DATA INFILE ma i campi ed i record devono essere ben delimitati.

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/load-data.html

[Darèios89]

Ho preferito andare con la prima strada ma ho dei problemi di sintassi.......ho creato un database, chiamato progetto 1. Dopo di che ho creato una tabella e poi cliccato su importa, il file è salvato in .sql ed ha questa sintassi:

INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	879822	879830	SAMD11:miR-504	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900599	900606	KLHL17:miR-299/299-3p 	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900605	900612	KLHL17:miR-124/506	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900933	900941	KLHL17:miR-19	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	901054	901061	KLHL17:miR-137	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990829	990836	AGRN:miR-144	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990831	990838	AGRN:miR-27ab	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990831	990838	AGRN:miR-128	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990834	990841	AGRN:miR-224	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1169073	1169080	B3GALT6:miR-340/340-5p	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1270756	1270763	DVL1:miR-139-5p	-
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1321936	1321944	CCNL2:miR-28/28-5p/708	-
.
.
.
.
.

targetscan ovviamente è anche il nome della tabella, ma ho questo errore:

#1064 - You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near '<targetscan> VALUES chr1	879822	879830 SAMD11:miR-504	+ INSERT INTO <targetscan' at line 1
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	879822	879830	SAMD11:miR-504	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900599	900606	KLHL17:miR-299/299-3p +
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900605	900612	KLHL17:miR-124/506	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	900933	900941	KLHL17:miR-19	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	901054	901061	KLHL17:miR-137	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990829	990836	AGRN:miR-144	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990831	990838	AGRN:miR-27ab	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990831	990838	AGRN:miR-128	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	990834	990841	AGRN:miR-224	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1169073	1169080	B3GALT6:miR-340/340-5p	+
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1270756	1270763	DVL1:miR-139-5p	-
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1321936	1321944	CCNL2:miR-28/28-5p/708	-
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1321941	1321948	CCNL2:miR-138	-
INSERT INTO <targetscan> VALUES chr1	1321986	1321993	CCNL2:miR-421	-
INSER[...]

Si può sapere come si deve scrivere questo file?

[Darèios89]

Scusate non volevo fare l' up ma non posso editare il messaggio originale, adesso ho questo erroe:

Fatal error: Maximum execution time of 300 seconds exceeded in C:\wamp\apps\phpmyadmin3.5.1\libraries\string_mb.lib.php on line 26

Dopo aver modificato così la tabella:

INSERT INTO targetscan (#chrom, chromStart, chromEnd,	name, strand)
VALUES ('chr1', '879822', '879830', 'SAMD11:miR-504', '+')
VALUES ('chr1', '900599', '900606', 'KLHL17:miR-299/299-3p', '+')
VALUES ('chr1', '900605', '900612', 'KLHL17:miR-124/506', '+')
VALUES ('chr1', '900933', '900941', 'KLHL17:miR-19', '+')
VALUES ('chr1', '901054', '901061', 'KLHL17:miR-137', '+')
VALUES ('chr1', '990829', '990836', 'AGRN:miR-144', '+')
.
.
.

[piero.mac]

la sintassi di questo insert e' errata:

INSERT INTO targetscan (#chrom, chromStart, chromEnd,	name, strand)
VALUES 
('chr1', '879822', '879830', 'SAMD11:miR-504', '+'),
('chr1', '900599', '900606', 'KLHL17:miR-299/299-3p', '+'),
('chr1', '900605', '900612', 'KLHL17:miR-124/506', '+'),
('chr1', '900933', '900941', 'KLHL17:miR-19', '+'),
('chr1', '901054', '901061', 'KLHL17:miR-137', '+'),
('chr1', '990829', '990836', 'AGRN:miR-144', '+'),
.
.
.

Eviterei poi in modo certamente convinto l'uso del carattere # nel nome di campo. E' un carattere speciale che ha altri significati per mysql (vedi identifier prefix).

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/ix01.html

[Darèios89]

E mi spiegate qual é quella corretta? In internet ne trovo diverse versioni...

[piero.mac]

Originariamente inviato da Darèios89
E mi spiegate qual é quella corretta? In internet ne trovo diverse versioni...

mi manca il soggetto...

Se intendi la query con INSERT gia' ho scritto, basta provare. l'unico che devi credere in internet per questa cosa e' il manuale mysql.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/insert.html

Se intendi # cambia il nome del campo e non usare caratteri speciali nei nomi. Mai.