Salve a tutti.
Innanzitutto mi scuso con chi interpreterà male il mio titolo ma non mi viene in mente altro per descrivere il mio problema.. poiche comunque è un grosso problema.

vi spiego subito.. ho dei passaggi di variabile che non escono fuori...
per maggior chiarezza vi posto il codice e man mano spiego che fa e che vorrei che facesse.

partiamo dall'html:
codice:
 <body>
   <ul id="tab-bar">
      <li id="tab-home">
        <a href="#index">
          Home
        </a>
            
      <li id="tab-filemanager">
        <a href="javascript:file();">
          File Manager
        </a>
      
      <li id="tab-video">
        <a href="javascript:video();" >
          Video
        </a>
      [/list]
<div class="wrapper">
    
    <div id="index">
    pagina index
    </div>
nell'html ho la mia barra delle schede da cui richiamo le funzioni js per cambiare il wrapper.

vi posto il javascript di File Manager.
codice:
function file(directory) {
	$(".wrapper").remove();
	$('<div class="wrapper"></div>').appendTo("body");
	$('<div id="file"></div>').appendTo(".wrapper");
	$.get("php/file_manager.php",{"dir" : directory}, 
	function(saf) { 
		$("#file").html(saf);
	});
	}
questa funzione richiama il php per avere i dati da appendere alla pagina, precisamente al wrapper.

arriviamo al fulcro del problema, ovvero il file php.
ecco il codice:
codice:
<?php
include("../inc/db.php");  
$directory=$_GET["dir"];
if ($_GET["dir"]=="") {
    $directory="../documenti/";
    }
if (is_dir($directory)) {
    if ($directory_handle = opendir($directory)) {
        while (($file = readdir($directory_handle)) !== false) {
            if(is_dir($directory.$file)){
                if(($file!=".")&($file!="..")&($file!=".DS_Store")){
                    print "<ul id='home-list' class='table-view table-action'>[*]
                       <script> dir=' ".$directory.$file." '; </script>
                       <a href='javascript:file(dir);'> 
                        <h2>".$file."</h2>
                        </a>
                        [/list]";
               }
            }
            else { if(($file!=".")&($file!="..")&($file!=".DS_Store")) {
                            print '<ul id="home-list" class="table-view table-action">
                                    <li class="even">
                                    <a href="'.$directory.$file.'">
                                    <h2>'.$file.'</h2>
                                    </a>
                                    [/list]';
            
                    }
                    }}}
                    closedir($directory_handle);
                }
            ?>
Qui in pratica uso il classico script di lettura del file system, con la restituzione al js delle righe in html e con una piccola modifica. in pratica se il file trovato è un file vero collega direttamente al file, altrimenti se questo è una cartella, manda il risultato al js, che appendera le righe e avrà come collegamento la stessa funzione di prima, ovvero file(directory) ma richiamata con la directory aggiornata alla sottodirecory corrente.

So che il mio italiano non è preciso, ma spero mi abbiate capito!

Cio che, purtroppo, mi restituisce, è il collegamento all'ultima sottodirectory analizzata.
Allora ho provato con un array:
nel codice php di prima, dove ho evidenziato in grassetto, ho sostituito quelle righe con queste
codice:
<script> var i=0; var dir= new Array(); dir[i]='".$directory.$file."';</script>
<a href='javascript:file(dir[i]);'>
<script>i++;</script>
se inserisco un alert(dir[i]) mi restituisce la directory effettiva. Purtroppo però alla chiusura del php quell'array non esiste più, dunque tutti i collegamenti a file(dir) sono persi.

Spero mi abbiate capito e che riusciate ad aiutarmi.
Questo è l'ultimo sforzo della mia tesi di laurea.

Grazie mille a tutti