Scusate, uso i margini percentuali ma li ho sempre impostati in maniera 'bruta' adattandoli fino a che non trovo quello che mi piace.
Ora vorrei usarli in maniera seria.

Mettiamo di avere questo layout.css

codice:
body,html
{
    position: absolute;
    top:0;
    left:0;
    margin: 0;
    padding: 0;
    height: 100%;
    width:100%;
    background: #000003;
    font-size: 10pt;
    cursor:pointer;
    clear:both;
}
#container
{
    position: relative;
    margin:0;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:100%;
    height:100%;
    border:none;    
}
#logo
{
    position: absolute;
    margin:2% 0 0 2%;
    padding: 0;
    width:25%;
    height:25%;
    background: transparent;
    z-index: 999;
    border:none;

}

/* TESTATA */

header
{

    position: relative;
    margin:0 0 0 25%;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:75%;
    height:15%;
    background: red;
    float:right;
    border:none;
}

#userbox
{
    position: relative;
    margin:1% 0 0 4%;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:92%;
    height:90%;
    background: blue;
    float:left;    
    border:none;    
}

/* -- ASIDE -- */

aside
{
    position: relative;
    margin:25% 0 0 0;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:25%;
    height:75%;
    background: red;
    float:left;
    border:none;

}

/* -- CONTENT -- */

#box
{
    position: relative;
    margin:0;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:75%;
    height:75%;
    background: white;
    float:left;
    border:none;
}

footer
{
     position: relative;
    margin:0;
    padding: 0;
    top:0;
    left:0;
    width:75%;
    height:10%;
    background: green;
    float:right;   
    border:none;
}
Molto semplicemente un header, una parte centrale composta da un laterale ed un corpo centrale ed un piede.

Allora, l'header mi lascia uno spazio a sinistra vuoto pari al 25% del totale della larghezza e fin qui ok.

Poi quello che non capisco è già nell'UserBox.
Io lascio 1% di margine superiore, in teoria se do un'altezza di 98% dovrebbe lasciarmi 1% di margine inferiore ed invece con altezza a 90% ho l'effettivo 1% di margine inferiore

Mentre orizzontalmente mi trovo con la matematica 100 -(4 + 92) = 4

La seconda cosa che non capisco è nell'ASide:

Io se lascio il 25% dall'alto (che è vuoto) mi esce dallo schermo e mi crea la barra, se lascio la stessa altezza del di header come margine non è alto uguale. Per essere alto uguale deve essere a 10.8%

I Bordi sono a 0 ed i padding a 0 e non ci sono elementi interni.

Che matematica o logica usano i margini ??

Grazie Daniele