Puoi tenere aperte più connessioni e specificare quale usare per ogni query.
Codice PHP:
$conn1 = mysql_connect($mysql_host1, $mysql_user1, $mysql_password1) or die('bla bla bla');
mysql_select_db($mysql_database1,$conn1) or die('bla bla bla');
$conn2 = mysql_connect($mysql_host2, $mysql_user2, $mysql_password2) or die('bla bla bla');
mysql_select_db($mysql_database2,$conn2) or die('bla bla bla');
$query = "UPDATE tabella SET campo = 'nuovo valore' WHERE id = ...";
mysql_query($query,$conn1);
mysql_query($query,$conn2);
//la prima verrà eseguita sul primo db, la seconda sul secondo