Cercando un po' in giro ho trovato questo articolo
http://filamentgroup.com/lab/update-...to-em-con.html

da cui è possibile scaricare questo plugin
https://github.com/filamentgroup/jQu...l-Em-Converter

Ha due piccole funzioncine che convertono un valore da px a em e viceversa. Sembra fare al caso tuo.