Modificare una precisa stringa di un file txt

[Johell]

Ho un piccolo file.txt che gestisco come fosse un database semplicistico, con una sintassi simile:

$database = file("file.txt");
foreach($database as $stringa)
 echo $stringa; 

Praticamente in questo modo $database è un array i cui elementi sono le righe di file.txt
Scrivendo ad esempio echo $stringa[3], verrà stampata la quarta riga di file.txt

A volte è necessario modificare una di queste righe con un'altra, e fin'ora ho sempre usato str_ireplace con risultati soddisfacenti, con la seguente sintassi:

$id è il numero di riga che mi serve modificare

$database = str_ireplace($database[$id], "nuova frase", $database);
// Successivamente aggiorno file.txt
file_put_contents("file.txt", $database); 

Il problema è che in questo modo se la stringa $database[$id] è identica a qualsiasi altra stringa posizionata su altre righe, verranno modificate tutte insieme.
Quindi se avessi ad esempio questo file.txt:

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...E volessi modificare la stringa $database[2] ossia "Nullam vestibulum molestie" verrebbe modificata anche la stringa $database[6] poiché identiche.

Sapreste indicarmi un modo sempre funzionante che mi permetta di modificare solo la stringa alla posizione che a me interessa, lasciando eventuali doppioni invariati?

[badaze]

$database[$id] = "nuova frase";

[Johell]

Tieni presente che a me serve prendere tutto il file e aggiornare file.txt in questo modo:

file_put_contents("percorso_server", $database); 

Quindi la tua soluzione non funziona.



EDIT:
Ops, avevi ragione. Funziona perfettamente grazie 1000!

[badaze]

Lo sapevo.