Dunque, non saprei dirti sul tou metodo perchè sinceramente è la prima volta che lo vedo, cmq io di solito faccio così:
SE il file è disordinato leggo l'ultimo record dal file e lo scrivo sopra a quello da cancellare, dopodichè diminuisco la dimensione del file di sizeof(record) dove record è il nome della mia struttura.
SE il file è ordinato allora copio tutto il file (record per record) in un nuovo file escludendo il record da cancellare. Poi chiudo i due puntatoria file che avrò usato, elimino il file vecchio, rinomino quello nuovo con lo stesso nome del file vecchio e riapro il primo puntatore (quello che puntava inizialmente all'archivio)
Lo so che può sembrare un po' complicato ma funziona
Ciao
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