Come ben sapete all'interno del JFileChooser c'e' un pulsantino per la creazione di una nuova directory.
C'e' modo di sapere le directory che l'utente ha creato durante l'utilizzo del JFileChooser ?
Dando un'occhiata alla api non mi sembra ci siano metodi a riguardo, ma se avete in mente qualche trucchetto e/o metodo alternativo...