Non credo sia possibile il dump completo del DB, pero' puoi automattizzare la procedura con uno scriptino...
primo
Crea un file <tabelle.list> in cui elenchi tutte le tabelle una sotto l'altra:
autori
articoli
art_auto
etc.
secondo
fai uno scriptino di bash <dump.sh>
Codice PHP:
#!/bin/bash
# Questo script legge il file <tabelle.list> ed esporta
# i file necessari al DUMP
for i in `cat tabelle.list`; do
mdb-export <nome file database> "$i" >> "$i".dump
echo "Ho esportato la tabella $i"
done;
echo "-------- HO FINITO -----------"
ovviamente, se il formato di output e' corretto puoi usare
un solo file o unire successivamente tutti i *.dump presenti.