Ciao, e' da tanto tempo che non scrivo su questo forum, comunque voglio aiutarti, anche se la risposta e' semplice e potresti trovarla anche da solo 

Codice PHP:
<?php
$stringa = " CiaO coMe staI? ";
//Intanto converti tutto in minuscolo e togli gli spazi finali e iniziali:
$stringa = strtolower(trim($stringa));
//Poi sostituisci gli spazi con gli underscore:
$stringa = str_replace(" ","_",$stringa);
//Per ultimo i caratteri speciali li togli:
$caratteri_speciali = array('?','!','|','.',',','-');
$stringa = str_replace($caratteri_speciali,"",$stringa);
echo $stringa;
?>