Se lo metti nella head, devi inserirlo in una funzione e far partire la funzione DOPO che l'iframe e` stato caricato:
codice:
<head>
<script type="text/javascript">
function togliparent() {
var fr_l = NOMEFRAME.document.links;
for(var i=0; i<fr_l.length; i++) {
fr_l[i].target = "_self";
}
}
</script>
<title> ... </title>
</head>
<body>
...
<button onclick="togliparent();" value="clicca dopo l'iframe" />
</body>
PS il riferimento al frame deve essere modificato inbase alle tue impostazioni (quello che ho scritto in maiuscolo)