secondo me i file sono di sola lettura...quindi togli l'opzione sola lettura,cliccando col tasto destro e proprietà,sul file.
inoltre questo tuo metodo di salvare l'intera cartella di mysql,non è tanto corretto..è più semplice fare prima il backup del database e poi con un bel DUMP rimetti tutto a posto...c'era una pillola molto interessante che parlava proprio di questo,se la trovo la posto...!