Beh... è sufficiente che tu individui la posizione del file ATTRIB.EXE (su WinXP è in Windows\System32, mentre su Win9x dovrebbe essere su Windows\Command)
A questo punto dovresti poter settare l'attributo di file nascosto in questo modo:
codice:
String percorsoAttrib = "percorso/ATTRIB.EXE"; // Il percorso del file ATTRIB.EXE
Runtime r = Runtime.getRuntime();
String [] param = {percorsoAttrib, "+H", nomeFile};
r.exec(param);
nomeFile è una stringa che indica il file che vuoi settare come nascosto.
Ciao.