Sinceramente non ho mai avuto la necessità di disegnare un punto, comunque potresti utilizzare il metodo drawLine() dell'oggetto Graphics, impostando come origine e destinazione della linea lo stesso punto.
Per circondarlo da un quadrato è sufficiente che tu utilizzi il metodo drawRect() dello stesso oggetto, magari impostanto come coordinate degli angoli, le coordinate del punto meno una costante e più la stessa costante:
codice:
public void paint(Graphics g) {
// Disegno il punto
g.drawLine(puntoX, puntoY, puntoX, puntoY);
// Disegno il quadrato
g.drawRect(puntoX-5, puntoY-5, puntoX+5, puntoY+5);
}
Ciao.