se scrivo uno script bash e poi creo un collegamento a questo script quando clicco tale collegamento per svariati secondi mi appare l'animazione del mouse (almeno su kubuntu), ovvero l'icona del programma che rimbalza. E' possibile evitare cio'?

beh dal centro di controllo KDE puoi disabilitarlo (Aspetto e temi > Segnalazione avvio applicazioni) ma lo disabiliteresti per tutte le applicazioni, non solo per gli script bash.