Infatti non si fa con il BufferedReader... 
Quando tu passi la directory al metodo che si occupa di andaer a cercare i file, passerai un oggetto di tipo File che punta alla directory, in questo modo:
codice:
ogg.mioMetodo( new File("directory_che_contiene_i_files") );
Ora, nel metodo puoi utilizzare questo oggetto File per ercuperare l'elenco di file e directory in essa contenute in questo modo:
codice:
public void mioMetodo(File dir) {
File [] elencoFile = dir.listFiles()
// Ora in elencoFile hai l'elenco di tutti i file contenuti nella directory
}
In alternativa, puoi passare un FileFilter al metodo listFiles() in modo da elencarti tutti e soli i file con una certa estensione.
Ciao.