Se la pagina è pronta dal momento in cui tutto è stato caricato che il js sia all'inizio o alla fine non importa imho. Sempre imho ritengo più leggibile uno script con il js nell'head che non alla fine del body.

Mettendolo prima della fine è tutto sommato come se scattasse l'evento onload. Comunque visto il livello di supremo non penso che l'abbia fatto di proposito. Basta vedere la posizione del link a jquery.