Non si vede come esegui il loop dell'inserimento.

Di certo e' che mysql numera i record con autoincrement in base alla progressione dell'inserimento.

Non hai disallineamento tra gli id ed i valori di NOW(), SYSDATE() e unix_timestamp quindi l'ordine degli inserimenti dipendono dal numero delle connessioni a mysql che vengono stabilite da apache per eseguire lo stress test.

dipende (forse) anche dal tipo di OS e CPU (n. di core utilizzati). Rimane un punto fermo: autoincrement non va a saltelli ma prosegue dritto per la sua strada. Man mano che arrivano i record li numera con il next.

Prova ad ordinare i record per id e vedrai che l'incongruenza arriva dal PC. Se ordini per l'ora di php non puoi dire che l'autoincrement sbaglia, ma a fronte di connessioni multiple (e multipli thread della cpu) significa che gli inserimenti non avvengono nell'ordine temporale di acquisizione del dato da parte del php.