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Per esempio nell'Extra del primo report leggo 2 using index, mentre nel secondo report c'è un solo using where (che credo sia peggiore dell'altro).
Entrambe le query usano un indice. La differenza è che "Using index" significa che usa solo l'indice, senza dover accedere ai dati. Si parla di Covering Index. Però... stiamo parlando di una sola riga, quindi anche se deve accedere ai dati non cambia nulla

Visto che ci sono così poche differenze (più che altro, non credo incidano sulle prestazioni) io userei l'indice su una colonna.