Per le e-mail e gli account puoi fare esporta dal client di posta e salvarli in una chiavetta o altro per poi rimportarli dopo la nuova installazione, per i programmi bisogna che li reinstalli di nuovo.
Alternativa:
Fai un'immagine del disco per poi ripristinarla sul nuovo disco, così hai il sistema i programmi e i dati senza dover installare nulla

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