devi cambiare un po' la logica, probabilmente raccogliere apertura e chiusura in funzioni a parte puo' aiutarti, per chiarire rapidamente:
codice:
function apri(){
  ...
}

function chiudi(){
  ...
}

al click su .menu
...if(chiuso) apri()
else {
  chiudi()
  e setta un apri() da esguire dopo l' animazione di chiusura
}
ovviamente ti devi passare chi ha richiamato apri() e devi coprire casi particolari, tipo cancellare un apri() prima che parta perche' c'e' un click sullo stesso o altro elementoinsomma, il discorso si complica un po'...ciao