Scusa, ma tu i dati da dove li prendi? Da un db suppongo, giusto?
Con questi dati devi generare un array che abbia la struttura del json che hai appena scritto, poi quando passerai l'array a json_encode(), questo verrà trasformato nel codice json che hai scritto tu.
Però puoi anche generare direttamente una stringa nel formato json visto che la struttura che ti serve non è complicata.
Codice PHP:
$json = '{ "nodes":["';
//qui un ciclo che ti genera gli elementi
$json .= '] }';