Con java dovresti risolvere verificando con js che sia istallato (permettendo cosi il download) cosi contestualmente verifichi che anche js sia attivo (problema che potresti avere solo con vecchi browser) una soluzione solo javascript non mi risulta possibile perché non può interrogare le cartelle del S.O.
Un'altra soluzione e creare un programma in c/c++ un eseguibile che monitorizzi il download

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