Fermo restando che la semantica delle operazioni è identica.
Da ciò che ho capito il tutto non dipende dal linguaggio ma bensi dalla FPU integrata nel processore.
Sicuramente l'architettura su cui sto lavorando è differente.
(Il programma fortran sta girando su una macchina virtuale dove sopra c'è linux centos 5 sul mio poratile)

il js viene eseguito sotto windows7sp164bit

Entrambi a 64Bit.

Ho comunque compreso sommariamente la realtà, oltre ad aver capito che il problema non è di facile risoluzione.
Provvederò a documentarmi adeguatamente (ora so cosa cercare).

Grazie mille MItaly per la precisa risposta.