Non trova le librerie esterne.

Per poter compilare è necessario che il compilatore venga "istruito" sul dove trovare le librerie esterne. Questo lo si fa specificando il CLASSPATH. Si può fare in due modi:

1) Andando a settare la variabile d'ambiente CLASSPATH nel sistema operativo
2) Andando a specificare, sulla riga di comando, l'opzione "-cp".

In entrambi i casi, il CLASSPATH deve contenere l'elenco (separato dal separatore di directory per il sistema operativo in uso) delle directory e/o dei file JAR di tutte le librerie necessarie affinchè il progetto venga compilato. Qui trovi la documentazione completa del comando javac e delle sue opzioni.

Nel tuo caso, da quel che si vede, non trova la libreria PDFBox.

Queste sono cose che l'ambiente di sviluppo fa automaticamente in base alle sue configurazioni.