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ti posso chiedere cosa fa questa parte di codice ?
for (String s : parts) {
System.out.print(s.trim());
}
Non dimenticarti che in Java la maggioranza delle operazioni di base sono già svole da funzioni di librerie. Non hai bisogno di inventarti tu l'acqua calda.
Nel tuo caso io userei la readLines(file,encoding) della libreria FileUtils Commons IO che restituisce una lista di stringhe, una per ogni riga. Da qui ricavi facilmente il numero di righe e accedi alle righe dalla quarta in poi.
Documentazione qui
In realta' ti basta fare
String []parts= ln.readLine().split("\s+");
oppure
String []parts= ln.readLine().split(" +");
oppure
String []parts= ln.readLine().split(" *");
oppure
String []parts= ln.readLine().split("\s\s*");
e cosi' via
giusto