credo che tu ti debba rassegnare alla lentezza; infatti la select leggerà tutti i dati dalle due tabelle, e solo poi cercherà quelli che non corrispondono.
puoi provare a velocizzare così
Select
dati_temporanea.ambito
From
dati_temporanea Left Join
dati On dati_temporanea.id =
dati.id_tbl_temporanea
AND dati_temporanea.ambito = 68
WHERE
dati.ambito Is Null
Limit 10000