Bene, questo è un'inizio.
In pratica dovrei andare a lavorare sul database in locale per "ripararlo" e poi ricaricarlo riparato.
Dico giusto?
Bisogna innanzitutto capire se le tabelle sono MyISAM (probabile).
Nel qual caso puoi prima testarle, e poi ripararle, con mysqlcheck.
Meglio ancora è, ovviamente, copiare prima i file dati, poi fare un dump (se riesce) ed infine un auto-repair