E' molto semplice.
Lato pagina metti tanti
<input name="check_delete" type="checkbox" value="<%#Eval("id_pozzo")%>" />
quanti servono

l'importante è il name e la proprietà value (nel mio caso id_pozzo della tabella pozzi

lato server, si recuperano i check selezionati con la vecchia e semplice:

Dim keys As String = Trim(System.Web.HttpContext.Current.Request.Form(" check_delete"))
dove keys contiene i value selezionati separati da virgola

non so se ci sia qualcosa di più semplice