Grazie mille x le ottime info! Ho provato a creare un file JAR eseguibile dal Prompt dei Comandi con java -jar myapp.jar; ho notato che Eclipse fa tutto in automatico creando anche il MANIFEST.MF al suo interno. Tutto fila liscio.

Se posso permettermi una domanda off-topic: nel mio test di collegamento al database MySql ho dovuto specificare username e password all'interno della Classe principale. Ho dato in pasto la Classe "criptata" ad un decompilatore che tra le altre cose ha rivelato anche questi dati sensibili. Normalmente con Java qual'è l'usanza per proteggere questi dati sensibili?