​prova così (premesso che il numero delle righe dovrebbe essere uguale e che tu abbia un accapo fra una riga e l'altra):

Non te ne avrai a male se uso C# ?

codice:
 
    protected void bt_Click(object sender, EventArgs e)
    {
        string[] textArea1 = tb1.Text.Split(System.Environment.NewLine.ToCharArray());
        string[] textArea2 = tb2.Text.Split(System.Environment.NewLine.ToCharArray());

        ArrayList risultato = new ArrayList();

        for (int i = 0; i < textArea1.Length; i++)
            risultato.Add(String.Concat(textArea1[i], textArea2[i]));

        for (int j = 0; j < risultato.Count; j++)
        {
            if (risultato[j].ToString() == String.Empty)
                risultato.RemoveAt(j);
        }
                
        // Verifica
        for (int j = 0; j < risultato.Count; j++)
            Response.Write(risultato[j]);
        }

eh, vedi l'efficacia del forum ..