Se accedi al file tramite filesystem (es. readfile('/www/ilmiosito/da_qualche_parte/disegno.pdf')) il webserver e quindi htaccess non vengono tirati in ballo, quindi non dovresti aver problemi.

Altro discorso se alla readfile() passi un url (es readfile('http://www.ilmiosito.it/da_qualche_parte/disegno.pdf')). In questo caso la lettura avviene attraverso il webserver e l'htaccess te lo impedisce.