Quello non è un errore di Java, è un errore del sistema operativo (Linux?). In pratica il programma fastqc non riesce ad eseguire l'elaborazione perchè evidentemenre uno dei percorsi passati contiene troppi link simbolici o contiene un loop di link simbolici o un link simbolico ha troppi altri link simbolici in cascata.

La prima cosa che mi viene in mente è che eseguendolo dal terminale tu non sia posizionato esattamente nella working directory che usa NetBeans per l'avvio dell'applicazione e questo può portare a seguire link diversi...

Generalmente è un problema di links da verificare...

Prova a cercare con Google quel messaggio di errore (o l'equivalente in inglese: "too many levels of symbolic links") e troverai molte discussioni sull'argomento per i motivi più disparati.


Ciao.