Salve a tutti!
sto facendo un applicazione con interfaccia grafica in java che serve per creare script, editarli ed eseguirli. Per eseguire ciascun utilizzo questa funzione:
Process p=Runtime.getRuntime().exec(comm);
a exec posso passare o tutto lo script o un comando alla volta. Se eseguo tutto lo script non mi da problemi ma ora che ho provato a passargli un comando alla volta exec, per questo comando specifico:
fastqc <pathnomefile> -o <pathcartellaoutput>
mi lancia l'eccezione IOException:
java.io.IOException: Cannot run program "fastqc": error=40, Troppi livelli di collegamenti simbolici
e non so perchè. Il comando è corretto perchè l'ho lanciato da terminale e va.
ps: ho scritto <pathnomefile> e <pathcartellaoutput> perchè sono davvero grandi e quindi a copiarli diventerebbe un casino