Alla fine ho risolto cambiando il file di configurazione in questo:
codice:
<IfModule mod_alias.c>
	<IfModule mod_cgi.c>
		Define ENABLE_USR_LIB_CGI_BIN
	</IfModule>


	<IfDefine ENABLE_USR_LIB_CGI_BIN>
 		 ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/html/cgi-bin/
  		<Directory "/var/www/html/cgi-bin">
			AllowOverride None
			Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
			Require all granted
		</Directory>
	</IfDefine>
</IfModule>


# vim: syntax=apache ts=4 sw=4 sts=4 sr noet
Ho usato script alias e in questo modo riesco ad avviare lo script python da te riportato nella guida, Io non sono su debian ma su raspbian strecth quindi non credo ci siano grandi differenze.