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Da quel che ho capito la classe che ascolta gli eventi generati dai bottoni fa parte della boundary
Innanzitutto cosa intendi per "boundary"? (non è un termine usato nelle GUI Java, per quanto ne so).

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Il problema che non riesco a risolvere è che se io faccio ascoltare al thread gli eventi generati dal pannello
Precisiamo una cosa: NON è un "thread" che ascolta gli eventi della GUI. In Swing esiste un thread specifico che è convenzionalmente chiamato il Event Dispatch Thread (EDT). Questo thread si occupa di svariate cose tra cui principalmente: disegno dei componenti Swing e dispacciamento degli eventi.
Questo perché Swing, come altri framework grafici, usa il paradigma del "single UI thread", ovvero un solo ed unico thread dedicato alla gestione della interfaccia utente. Tutti gli eventi della GUI sono dispacciati ai metodi dei listener nel contesto del EDT .. non di un qualunque altro (tuo) thread.