con il bonifico dai una spiegazione al pagamento effettuato.
Con l'assegno non hai alcuna spiegazione al pagamento effettuato.

Se il tizio ti truffa non consegnandoti l'auto, potrebbe dire che quei soldi gli son stati dati per un lavoro o per un affare che avevi fatto con lui.
Con il bonifico, almeno hai una "motivazione certa" del pagamento.