Puoi semplificare in questa maniera.
codice:
if(isset($_POST['IDprodotto'])&&isset($_POST['quantita']))
{
    $IDprod= $_POST['IDprodotto'];
    $qta= $_POST['quantita'];
    $prodotti = array('IDprodotto' => $IDprod, 'quantita' => $qta);
    //print_r($prodotti);
    
    $prodottiJS= json_encode($prodotti);
    //echo '<br>'.$prodottiJS;

   $newprodJS = isset($_COOKIE['acquisto']) ? $_COOKIE['acquisto'].$prodottiJS : $prodottiJS;
   setcookie("acquisto", $newprodJS, time()+360000);  
}