Di quale cartella .ssh stiamo parlando? Quella di un utente o di root?

Su Debian in una configurazione standard il server web gira con i permessi di un utente adhoc, quindi php non può leggere i dati presenti dentro le cartelle degli altri utenti, non puoi avere un accesso ssh al server?

Come mai vuoi copiare quei file? Magari c'è un modo diverso per risolvere il problema.