In quel codice lì non ci vedo nulla che dovrebbe causare la rotazione, il 90 nella funzione imagejpeg() in caso di foto verticale dovrebbe solo comportare una riduzione della qualità (90%) anche se non capisco perché lì ti sia necessario e in caso di foto orizzontale no.
La causa a cui posso pensare, è che nei dati exif delle foto non sia riportata l'informazione sull'orientamento della foto o che sia errata, quindi il programma che usi per la visualizzazione di default apre tutto in orizzontale, il che non sarebbe un problema di PHP, ma della macchina che usi per fare le foto.

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