Join che annulla condizione where

[Dascos]

`macchina`.`seriale` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `macchina`.`codice_macchina` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `documento_arrivo`.`numero` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `documento_partenza`.`numero` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `clienti`.`nome` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `macchina`.`created_at` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  OR `macchina`.`updated_at` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  AND `macchina`.`deleted_at` IS NULL

Tutta la parte "or" andrebbe messa tra parentesi, altrimenti la verifica con "and" viene fatta solo sull'utlima Or, cioè attualmente la tua condizione viene interpretata così

( OR `macchina`.`updated_at` LIKE '%%' ESCAPE '!' 
  AND `macchina`.`deleted_at` IS NULL )

quindi se una qualsiasi delle altre condizioni è vera, il record viene preso