lì bisogna andare di testa propria nel progetto del programma.
Ad esempio se ti interessa interagire solo con Frame visualizzati dal JDesktopPane potresti richiamare il metodo getAllFrames() che ti restituisce un array di tutti i JInternalFrame visualizzati al momento.

Oppure un altro metodo per riuscire ad interagire è fare che il frame principale ha dei attributi riferimento a tutti i frame figli, e poi dall'interno di qualsiasi frame puoi fare

mainFrame.frameCheMiInteressa.Metodo(..)