appena finito di usare le variabili nello script fai un unset() di ciascuna.

es:

if(isset($_POST['submit'])){

$var1 = $_POST['var1'];
$var2 = $_POST['var2'];

...

$tot = $var1 + $var2;

bla bla bla.

unset($var1);
unset($var2);

}